special にチェックを入れると、.crawler.data、.crawler.queueといったインデクスが表示されますが、これは何なのでしょうか？また、fess.YYYYMMDDというインデクスにドキュメント数が表示されていますが、これは現在検索対象になっているドキュメントの数という理解で正しいでしょうか？
.crawler.〜などはクロール時にデータを格納するインデックスです。
fess.yyyymmdd*のインデックスが検索時に利用しているインデックスで、そこのドキュメント数が現在の検索対象数です。
ご回答いただきありがとうございます。追加で質問なのですが、現状、.crawler～に数十万件のdocsがあるようで、fes.yyyymmddには数千件のdocsがあります。これはクロールしようとしているドキュメントが滞留してしまっているという状況であるととらえて間違いないでしょうか？
普通にクロール設定を作って、クロールが正常に終了すると、queueやdataのデータはクリアされると思います。数十万件程度では影響はないと思いますが、クロールが実行されていないときに、メンテナンス画面から削除することができます。