ファイルシステムのクロール向けにファイル認証を設定しているのですが、NTLMSSPを利用したNTLMv2認証は利用できませんでしょうか。
下記の設定で確認したところ、NTLMのプロトコルでアカウント情報をホストに渡せていないことをパケットキャプチャから確認しました。
ホスト名：{対象のファイルサーバ}
ポート：445
スキーム：Samba
ユーザ名：{対象のユーザ名}
パスワード：{対象のパスワード}
パラメーター：domain={ドメイン名}
jcifsのコードの中にはntlmsspとかも記述されているので、いけそうな気もしますが、他に渡せそうな設定としてはパラメーターに workstation=ホスト名 を設定してみるとかでしょうか。