パスワード付きのスキャナ取り込みPDFファイルを大量に保管しています。パスワードは更新時のみ有効なので、開いて内容を確認することは出来ます。Fessにファイル名だけでも登録し、検索対象にすることは出来ないでしょうか？
おそらく障害URLに登録されて、処理できなかったという扱いになっていると思います。将来のバージョンでの対応手段の提供を考えようと思います。
試しにLibreOfficeでパスワードを設定したファイルを作ってみましたが、ファイル名だけでインデックスされているので、問題の現象が再現できないので、特に問題なさそうですね。