index作成時のroleの作成のされ方について

先日、グループAの人しか見られないファイルが、グループBの人の検索結果に表示されてしまいました。
管理者でFessにログインし、「admin/searchlist/edit」にて対象ファイルのroleを確認したところ、
想定していないroleが付けられていました。
例)
Fessのrole:2グループA、2グループB、2グループC、2グループD
(先頭1文字はgroupnameであることの「2」)
実際のファイル:グループA、グループC、グループE、グループF

このようなことは起こりえるのでしょうか?
何かしら原因を特定する糸口を手に入れたいです。
ちなみにindex作成から今に至るまでに実際のファイルおよび上位フォルダにて
グループA~Fのアクセス権変更は行っていません。(グループG、Hのアクセス権付与は行っています。)

設定情報
■クローラー
CsvListDataStoreを用いて、
「modify,[ファイルパス]」のcsvファイルを読み込んでいます。
スクリプトは以下の通り
event_type=cell1
url=cell2

■LDAP
Active Directoryを連携してログインしています。

以上、よろしくお願いいたします。

ネストされたグループだと思いますが、Fessのバージョンは何でしょうか?

Fessのバージョンは13.16.0です。

ネストされたグループというのは、例えば
グループEの中にグループBとDが含まれている、ということでしょうか?
そうであればネストされたグループではありません。

グループBの人の検索結果に出たファイルのURLにアクセスしようとするとアクセス不可になります。

はい、そのような感じです。
デバッグログにして、fess-crawler.logでどこから取得されている値かなどを確認すると良いと思います。